在胡惟庸死后，朱元璋毅然废除了丞相制度，暴露出他蓄谋已久的真实想法。
李善长的弟弟李存义虽然和胡惟庸有姻亲的关系，但是，并没有把李善长牵连进来，只是贬斥了李存义而已，但是，李善长不知是什么缘故居然没有谢恩，这让朱元璋老大的不快活，联系到洪武初年李善长的种种骄横的做法，朱元璋准备对李善长动手了。
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对付李善长这样的功臣第一，自然不能向对付胡惟庸那样简单，偏偏李善长因为建造府邸的缘故向汤和借了三百人使用，让汤和给告发了，善长又给丁斌求情，这让朱元璋抓住了把柄，用严酷的刑讯逼供丁斌，得出了李存义奉了胡惟庸的口信请李善长加入谋反同盟的所谓的证据，还有李善长不举报胡惟庸勾结倭寇的旁证，总之，一个家奴居然把主人在密室内说的话都举到了御前。
朱元璋这样才从容的下命令说：善长元勋国戚，知逆谋不发举，狐疑观望怀两端，大逆不道。然而，还是不杀善长，直到有司说星变，需要杀大臣消灾，于是，善长为了朱元璋做了最后一次贡献，全家七十多口人同时被杀，李善长时年已经是七十七岁的人了，赐死给予全尸，算是朱元璋对这位开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师、中书左丞相，封韩国公，岁禄四千石，子孙世袭。予铁券，免二死，子免一死的“与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣”的多次称之为“赛萧何”的最大的功臣的酬劳。
整个案件看，这一切似乎是因为胡惟庸的谋反案。对于这件案件，《明史》记载，李存义父子是这样供认的：胡惟庸想造反，便使亲家李存义去游说李善长，李善长起初大惊，说这是灭九族的勾当啊。不久胡惟庸又派李善长的老友去劝诱，说事成之后当封其为王，善长“不许，然颇心动”。后来胡惟庸亲自出马，善长“犹不许”。过了一段，胡惟庸又让李存义去劝说兄长，李善长叹了一口气说：“我老了，等我死后，你们想怎么干就怎么干吧。”仅此似乎还不足定案，很快，在李善长家的几个奴仆，也纷纷告发李善长和胡惟庸的阴谋。“大逆不道”的罪名终于成立，有意思的是连老天也示意李善长该死了，《明史》上说，李善长刚刚定罪的时候，星相学家“言星变”，卜了一卦，说上天示意要“移大臣”。须知，因天象的异变杀人，也是中国历史上的老谱，唐末时，一个依附军头的权相，就是以这种理由来清除他不喜欢的二十多位同僚的，结果“朝班为之一空”。现在李丞相既然也到了天厌之的份儿上，还有何说？皇帝当年亲赐的那个可以免二死的“铁券”，也成了一张废纸，……
总体来，李善长似乎也可以的定上被“谋反”的罪名，但细心人一看，却是不然，这一切，很容易让人忽视一个很重要，很重要的问题，那就是李善长的封赏。
第一次在至正二十四年（1364），朱元璋自立为吴王，拜李善长为右相国，时犹承元制尚右。李善长明习故事，裁决如流，又擅长辞令，朱元璋有所招纳，往往由他代草。几次大的战斗如西克江州（今江西九江）、两平洪都（今江西南昌）、援安丰（今安徽寿县南、安丰塘北）、讨庐州（治所在今安徽合肥）、下武昌，都由李善长留守，将吏帖服，居民安堵。前方战事频起，命将四征，百万供给，皆由李善长转调。又请征两淮盐税，立茶法，皆根据元制而去其弊政。不久复请制钱法，开铁冶，定渔税，“国用益饶而民不困”。
吴元年（1367）九月，平吴，论功封李善长宣国公，改官制，尚左，以为左相国，赏赐无算。时惩元纵弛，颇用重典，法律有三条关于“连坐”的款文，李善长建议除大逆以外皆免之，朱元璋遂命他与刘基等裁定律令，颁示中外。不久，李善长又率群臣上表劝朱元璋即帝位，朱元璋称帝后，命李善长为大礼使，定追封祖、父及册立后妃、太子、诸王等事宜。置东宫官属，李善长兼太子少师，授银青荣禄大夫、上柱国，录军国重事，余仍旧。不久，又上奏定六部官制，议官民丧服及朝贺东宫仪式。监修《元史》，主编《祖训录》、《大明集礼》等书，制定朝臣大小服色俸赐、天下岳渎神祗名号、封建藩国及功臣爵赏，存恤国初都先锋、十大元帅、都尉、指挥、阵亡无后者之父母妻，禁淫祀。总之，明初国家草创，百废待兴，各种典章制度，事无大小，皆由李善长和刘基、宋濂及其他儒臣共同商量、斟酌制定的。
第二次，在洪武三年，封银青荣禄大夫、上柱国、录军国重事、中书左丞相兼太子少师宣国公李善长，授开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师、中书左丞相，进封韩国公，参军国事，食禄四千石；子孙世袭；予铁卷，免二死，子免一死。”
如此大的封赏，可以看出在洪武一朝，李善长是位极人臣，这样的荣耀，的确没有谋反的理由。
年至古稀，77岁高龄的李善长真的会造反吗？这个疑团没等到今人来破解。就在李善长被处死的第二年，御史解缙代虞部郎中王国用写了一份《论韩国公冤事状》，为李善长鸣冤。上书开门见山地写道：“善长和陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一。生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣。藉令欲自图谋不轨，尚未可知。而今谓其欲佐胡惟庸者，则大谬不然。”爱自己的儿子必然超过兄弟的儿子，这是人之常情。安定地享受着万全富贵的人，必不会怀侥幸之心去追求那可能性只有万分之一的富贵。李善长与胡惟庸是子侄辈之间的亲戚，而他与皇上却是亲子女之间的亲戚。假如他辅助胡惟庸谋反成功，也不过是功臣第一人，难道还会比今天更加富贵吗？况且李善长难道不知道天下不可以侥幸取得吗？元未想取得天下的人不知有多少，结果没有不粉身碎骨的。李善长为什么在年轻时亲身经历亲眼见到的这种情况，却又在衰老的年纪去重蹈杀身之祸呢？……上书的最后写道：“今善长已死，言之无益，所愿陛下作戒将来耳。”嗜杀的朱元璋看后，竟没有加罪王国用。可见，朱元璋心里是很清楚的，李善长没有造反。
既然朱元璋知道李善长不会造反也没有造反，那么，朱元璋为什么还要杀死李善长呢？“
对于这个问题，一直也是诸位书友们纠结的所在，到底李善长算不算造反呢？
对于这一点，小景多方查阅资料，最终认为，他没有这个必要，也没有这个理由。这纯粹是朱元璋要铲除宰相这个职位。
自秦始皇一统六国，天下一统，设置百官，丞相就是一人之下万人之上，是连接皇帝和百官的中枢。据记载如下：“相国、丞相，皆秦官，金印紫绶，掌丞天子助理万机。秦有左右，高帝即位，置一丞相，十一年更名相国，绿绶。孝惠、高后置左右丞相，文帝二年复置一丞相。有两长史，秩千石。哀帝元寿二年更名大司徒。武帝元狩五年初置司直，秩比二千石，掌佐丞相举不法。
丞相可以说，是负责管理军事大计或其他要务，并辅佐皇上处理国家大事。逢有机要事情皇帝召集公卿、二千石、博士共同在御前商议，避免专断。一般政务，则由丞相决定即可施行。皇帝有事，常向丞相咨询，丞相有时可封驳诏书，表示对皇帝命令持保留态度。丞相具体职权是：任用官吏，或是向皇帝荐举人才；对于地方官的有考课和黜陟、诛赏的权力；主管律、令及有关刑狱事务；地方上若有暴动等事，丞相派属官前往镇压；在军事或边防方面也承担一定的责任；全国的计籍和各种图籍等档案都归丞相府保存。西汉时御史大夫辅佐丞相，职掌大致相同，所以不少事务常由丞相、御史共同出面处置。
丞相之秩为万石，月俸之谷三百五十斛，钱六万。属官有长史二人，为丞相的助手。另有少史、征事等。又设西曹、东曹、奏曹、集曹、议曹等机构，分管官吏迁除、郡国事务、章奏谋议、征集租谷等事。汉武帝元狩五年(前118年)，又置司直，专司刺举百官不法者，从而加强了丞相的监察职能。唐宋元一直沿用。
随着宰相的权利日益扩大，必然与皇权有了争斗，以我看，正是这个要了李善长一家七十几口的性命。
朱元璋生性多疑，对丞相权力过大早就心存疑虑，随着自己年事的增高，太子又柔仁，便决心消除“棘杖上的刺条”，给后代一个安定的政治环境。李善长作为开国丞相，功臣第一，其对皇权的威慑力、影响力和破坏力是难以估量的，因此，他也就成了必须被除掉的那个“刺”。
为了避免皇权旁落，自胡惟庸阴谋造反后，朱元璋即废除了中书省，分相权于六部，六部尚书执行皇帝的命令，直接对皇帝负责。其后，进一步宣布永远不许再提议设置丞相一职。秦汉以来行之1000余年的丞相制度从此废除，皇权的膨胀超过已往历朝历代，达到极至。而当相权被弱化，权力高度集中到皇帝手中之后，恐怕皇帝也会因为太繁杂的公务和太大的压力而崩溃，因为任何人都没有管理、处理全国一切事务的兴趣、能力和承受力。另一方面，皇权高度集中后，各级官僚特别是中央高级官僚也就没有了处理政事和国事的积极性和主动性，那么他们就只剩下想法设法谋求私利这一件事可做了。相权的弱化，致使明朝中后期出现了一个非常荒唐的局面，统治机构自行涣散、瓦解：明世宗中年以后就不见朝臣；明穆宗即位3年也没向大臣们发一句话；明神宗30年内只见过群臣1次；连旬累月的奏疏，任其堆积如山，不审不批；群臣们在大殿上高声喧哗、随地吐痰；大臣辞职时也不见皇帝，仅上一封辞呈便弃官回家；各部无人上班，衙门上锁，院子里长满青草，所有公事全都无人办理。难怪有人感慨地说，明朝并不亡于崇祯，而亡于洪武。这恐怕是朱元璋在诛杀明朝最后一个丞相李善长时没想到的吧。
前面说过，李善长是淮西集团的首领，加之淮西集团在新朝利益分配中太过霸道，树敌必不在少数。他的彻底倒台，因此便具有双重的心理安慰作用，一是针对朱元璋的，二是针对各派系文臣的。
然而，也许因为李善长一家的死难太过惨烈给人刺激太深，或者更因为受儒家熏陶的知识分子良知未泯，忍不住要主持公道，哪怕面对君主的淫威。在李善长死的第二年，即有人上书诉其冤。
这封替李善长申冤的奏折，据说出自著名才子解缙的手笔。最精彩的部分是以下一段：
“善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣。……使善长佐惟庸成，不过勋臣第一而已矣，太师国公封王而已矣，尚主纳纪而已矣，宁复有加于今日？且善长岂不知天下之不可幸取？当元之委，欲为此者何限，莫不身为齑粉，覆宗绝祀，能保首领者几何人哉？善长胡乃身见之，而以衰倦之年身蹈之也？”
说这段文字精彩，其精彩唯在于，它揭出的全是人人能够想得到的一点常情常理。李善长当年冒万死，才有了后来他在新朝中的地位，他已经是勋臣第一，得到了“公”的最高爵位，儿子当了驸马，亲戚都当了大官，一个做臣子的到了这一步已是顶点。如果他像别人指控的那样，辅助胡惟庸谋反成功，他又能到哪一步？充其量不过仍是勋臣第一，能超过他现在已得到的一切吗？何况，李善长又不是小孩子，他难道不知，取天下不是一件那么容易的事情？元末大乱中，起来争天下的人多了，除了您朱皇帝，不是都灰飞烟灭了吗？这些李善长当年都曾目睹和亲历，他怎么可能在即将“翘辫子”的高年，却非要去冒这种危险？
解才子真是大手笔，驳论痛快淋漓。对此，朱元璋有何反应呢？史书上说：“tai祖得书，竟亦不罪也。”
按照常规，既是钦定的大案，是决不会容忍异议，更不用说翻案了。朱元璋此处的沉默就显得有些意味深长。也许，是同样处于衰朽之年的朱元璋，想起了什么？
李善长狱案出自圣裁，而罗织最有力者则是当时的左都御史詹徽，《明史》本传说詹徽“性险刻，李善长之死，徽有力焉。”他出任左都御史是从洪武十七年到二十三年五月，李善长及其家口七十余人在五月坐诛后，六月，他就登上了左都御史兼吏部尚书的宝座，洪武二十五年加太子少保。二十六年，蓝玉案发，“詹徽受命鞫蓝玉，玉不肯服。徽叱玉吐实，无徒株连人，玉大呼‘徽即吾党’，遂并杀徽。”《明史》下了个结论，“徽好窥上旨，终及于祸”。