陶侃于江中设置数百枚水雷，陆续引燃后，爆裂开来，给周边晋船造成了极大的损害，别说走舸等小船了，激浪即可倾覆，即便蒙冲斗舰甚至楼船，近距离挨一下，船舷也可能碎裂，产生短时间内难以封堵的破漏。
——这也算是彭晓之功了，经过他的反复试验，已然大大增强了黑火药的爆炸力，并在裴该的授意下，将燃烧药和爆炸药明确区分开来。
于是晋军舟船，便在一声继一声的惊雷震响中，陆续破损甚至于倾覆。更要命的是，雷区基本上固定，但晋军船队则是在前进中的，于是从阵首逐渐向阵列中心炸响，最终竟连王敦的坐舰都未能幸免。
王处仲及时下令放锭停船，重整队列，但舰队正在顺水航行之际，不是你想停就马上能停下来的。于是前军多败，中军急停，后军就势撞将上来，导致阵列更为混乱。一时间舟船翻覆的、倾斜的、相撞的，乱作一团，水兵陆续惊呼着跃入水中，以期泅渡上岸，脱离这一片莫名其妙的死地。
好在水雷数量终究有限，而晋船数量庞大，即便全数顺利爆炸，且一雷专炸一船，也不可能全都分配得到——当然啦，对于那些小船，往往一雷炸响，周边数丈之内，数舟倾覆——倘若给王敦以足够的时间，是应该能够重整军势，虽遭大损而不至于崩溃的。
只是陶侃会给他足够的时间吗？
陶士行早就做好了准备，并且计算好了时间，他使小部继续对战沈充，而亲将主力回转身来，扬帆摇橹，航向上游，恰好在“雷”声已息，而晋船混乱未收之时，汹涌杀至。照理说逆水行船，战斗力要远不如顺水之敌，但问题晋舟多覆，哪怕没有破损的也都忙成一团啊，以整击乱，岂有不胜之理？
更重要的是，直到这会儿，晋兵还搞不明白究竟发生了什么事儿呢。他们从来连听都没听说过火药武器——部分将领可能通过来自北方的情报，心里有些数——但闻雷响，船便大震而覆，都以为是什么鬼神之力，基本上全都吓破了胆，哪里还能执弓矢、戈矛御敌啊？
由此晋军大败，王敦几乎不能幸免——他乘坐的是大楼船，掉头为难，被迫与钱凤等换乘斗舰，才以自家破损的舰船为盾，狼狈逃出生天，一口气跑回武昌去了。王应的位置比老爹要靠前，所乘楼船本来就中雷破损了，复为华船上大拍杆直接击碎舰首，乃翻覆落水，为华兵所擒。
至于其副将，也是姑夫郑澹，则受创落入江中，没能活着捞起来……
陶侃既破敌军主力，随即回师，再战沈充。这会儿武昌、柴桑舟师大败的消息也传了过来，导致芜湖方面士气大落，兵无战心，沈士居无奈之下，只得弃守东下，去会合邓岳守备石头城了。
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这时候华朝中、西两路兵马，已然水陆并进，攻克了沙羡，迫近武昌。武昌城内，一日三惊，直到王敦归来，人心才稍稍安稳一些。
王敦使人往觇华军动静，回报说帆樯遮天，旌旗蔽日，不下五万之众。而王敦点检武昌内外兵马，只剩下了战船不足三百、步卒将将万余……
其掾何充劝说道：“事不可为矣。今明公以败残之军，欲遏华人东来尚且为难，况乎重整旗鼓，往救建康啊？若建康陷，则明公既失大义，士卒亦无战心，到时候晋王命一介使来释兵，明公何以自处？不如就此归降于华，或者华主顾念明公清华显贵，前朝武皇帝之婿，曾为国家镇定江南，而肯善待之……”
钱凤在旁呵斥道：“我等皆为晋臣，次道何出‘前朝’之语？！”
何充亦戟指钱凤，喝道：“晋早已禅华，如何不是前朝？天下大势，原本分明，都是汝等愚昧之人贪弄权柄，冀图侥幸，乃陷明公于此艰危之地！今千帆东向，止百橹败回，汝为参谋，不知羞耻，难道还觍颜欲苟活于世上么？！”
钱凤大怒，便欲拔剑来砍何充，却被王敦给劝止了，说：“次道亦出爱我之心，方为此语，何必怪责啊？”终究何充是尚书、光禄大夫何桢之孙，论家世比钱凤显赫多了，那他又怎能眼睁睁瞧着钱凤杀害何充呢？我再怎么宠信钱士仪，也总得讲个士庶高下吧。
但他随即又对何充说：“我既决心拒华，又岂能半途而废啊？裴该于我为晚辈，我终不能向其屈膝。”于是打点精神，重整兵马，固守武昌，以拒华师。
华军水陆并进，主将乃是陆衍。按照原本的规划，西、中两路军汇合后，陆衍即从甄随指挥，待破武昌，航向上游，再受陶侃节制——没办法，甄随名位常在陆衍之上，若陆和在，或尚可与甄随相拮抗，陆衍是根本压不住那蛮子的。
只是甄随跑去江南打应詹了，陆衍就此获得了指挥权，一路势如破竹，直取武昌。舟师先至，王敦乘船来迎，逆水而击，大败华军，焚毁包括一艘连舫在内的六十多条战船——终究从巴中出来的船队，论数量尚不如败残之晋师，而论起水兵素质来亦远远不如，最关键的，没有能够指挥舰队作战的能将主持啊。
陆衍闻报大怒，当即斩杀两名校官以正军法，随即命舟船退守沙羡，他自将步军自江南挺进，而命姚弋仲将骑兵自江北绕路，复从蓟春西面涉渡，两路包夹武昌。
武昌西北有来山，西南有鄂县，与郡城呈犄角之势，王敦分兵守护。双方激战四日，陆衍首先攻取了来山，即从山上向武昌城内发射火箭，迫使王敦只能闭门固守；又三日，与姚弋仲部相策应，攻克了鄂县。
两处险要既失，则武昌城有如瓮中之鳖——倘若不是背靠长江，舟师尚能策应，估计不用打便自破了。但王敦亦非无能之将，便仗着舟师援护之力，坚守城池，陆衍竟然百计难克。