有人劝高祖说：“突厥之所以屡次侵犯关中地区，是由于我们的人口与财富都集中在长安的缘故。如果烧毁长安，不在这里定都，那么胡人的侵犯便会自然平息下来了。”高祖认为有道理，便派遣中书侍郎宇文士及越过终南山，来到樊州、邓州一带，巡视可以居留的地方，准备迁都到那里去。太子李建成、齐王李元吉和裴寂都赞成这一策略，萧瑀等人虽然知道不应当如此，却不敢谏阻。秦王世民挺身而出，劝谏道：“北方少数民族为祸中原的情况自古就有。陛下凭着圣明英武，创建新王朝，安定中夏，拥有百万精兵，所向无敌，怎么能因有胡人搅扰边境，便连忙迁都来躲避他们，使举国臣民感到羞辱，让后世来讥笑呢？那霍去病不过是汉朝的一员将领，尚且决心消灭匈奴，何况儿臣还愧居藩王之位呢！希望陛下给我几年时间，请让我把绳索套在颉利的脖子上，将他逮到宫阙之下。如果到时候不成功，再迁都也为时不晚。”[37]高祖说：“说得好。”李建成却说：“当年樊哙打算率领十万兵马在匈奴人中间纵横驰骋结果失败了，秦王的话该不会是和樊哙的相似吧！”李世民说：“面对的情况各有区别，用兵的方法也不相同。樊哙那小子有什么值得称道的呢！不超过十年，我肯定能够将漠北地区平定下来，并不是凭空妄言啊！”于是，高祖不再迁都。李建成与嫔妃因而共同诬陷李世民说：“虽然突厥屡次在边疆上为祸，但只要他们得到财物就会撤退。秦王假托抵御突厥的名义，实际上是打算总揽兵权，成就他篡夺帝位的阴谋罢了！”高祖在京城南面设场围猎，太子李建成、秦王李世民和齐王李元吉都随同前往，高祖命令三个儿子骑马射猎，角逐胜负。李建成有一匹胡马，膘肥体壮，但是喜欢尥蹶子，李建成将这匹胡马交给李世民说：“这匹马跑得很快，能够越过几丈宽的涧水。二弟善于骑马，骑上它试一试吧。”李世民骑着这匹胡马追逐野鹿，胡马忽然尥起后蹶，李世民跃身而起，跳到数步以外站稳，胡马站起来以后，李世民再次骑到马身上，这样的情况连续发生了三次。李世民回过头来对宇文士及说：“他打算借助这匹胡马害我，但人的生死自有命运决定。就凭他们能够伤害到我吗？”[建成听到此言，乘机教唆与他偷情的嫔妃在高祖耳边诬陷李世民：“秦王自称：上天授命于我。正要让我去做天下的主宰，怎么会白白死去呢！”高祖大怒，先将李建成、李元吉二人召来，然后又把李世民召来，责备他道：“谁是天子。上天自然会授命于他，不是人的智力所能够谋求的。你谋求帝位之心怎么这般急切呢！”李世民摘去王冠，伏地叩头，请求将自己交付执法部门查讯证实自己没有说过这种悖逆之话，高祖仍然怒气不息。适逢有人奏称突厥前来侵扰，高祖这才改变了生气的面容，转而劝勉李世民，让他戴上王冠。系好腰带，与他商议对付突厥的办法。武德七年闰七月廿一己未日（公元624年9月9日），高祖颁布诏书命令李世民与李元吉率领兵马由豳州出发抵御突厥，在兰池为他们饯行。每当发生敌情，高祖总是命令李世民前去讨伐敌人，但在战事平息以后，高祖对世民的猜疑却越发加重了。
秦王李世民与太子李建成、齐王李元吉结下嫌隙以后，认为洛阳地势优越便利。担心总有一天会发生变故，打算离开京城保守此地，所以就让行台工部尚书温大雅镇守洛阳。派秦王府车骑将军张亮率领亲信王保等一千多人前往洛阳，暗中结交崤山以东的豪杰，等待事态变化，拿出大量的金银丝帛，任凭他们使用。元吉告发张亮图谋不轨，张亮被交付法官考察验证。张亮从始至终一言不发。朝廷便释放了他，让他返回洛阳。李建成在夜间召来李世民，与他饮酒，暗中在酒中下毒害他。李世民突然心痛，吐血数升，淮安王李神通搀扶着他返回西宫。高祖来到西宫，询问世民的病情，敕令李建成：“秦王向来不善于饮酒，从今以后，你不能够再与他在夜间饮酒。”高祖因而对李世民说：“首先提出反隋的谋略，消灭敌雠，平定海内，都是你的功劳。我本打算立你为太子，你却坚决推辞。而且，李建成年纪最大，被立为太子已经很长时间了，我也不忍心夺去他的太子之位啊。我看你们兄弟似乎难以相容，一起住在京城里，肯定要发生纷争，我应当派你返回行台，留居洛阳，陕州以东的广大地区都归你主宰。我还要让你设置天子的旌旗，如汉朝梁孝王故事。”李世民哭泣着，以不愿意远离父皇膝下为由表示推辞。高祖说：“天下都是一家，东都和西都两地，路程很近，只要我想念你，便可动身前往，你不用烦恼悲伤。”李世民准备出发的时候，李建成和李元吉一起商议说：“如果秦王到了洛阳，拥有了土地与军队，我们便再也不能控制他了。不如将他留在长安，这样他就只是一个匹夫而已，捉住他也就容易了。”于是，他们暗中让好几个人以密封的奏章上奏高祖，声称：“秦王身边的人们得知秦王要前往洛阳，无不欢欣雀跃。看秦王的意向，恐怕他不会再回长安了。”他们还指使高祖宠信的官员以秦王去留的得失利弊来劝说高祖，高祖便改变了主意，秦王前往洛阳的事情又半途搁置了。李建成、李元吉与后宫的嫔妃日夜不停地向高祖诬陷世民，高祖信以为真，便准备惩治李世民。陈叔达进谏说：“秦王为天下立下了巨大的功劳，是不能够废黜的。况且，他性情刚烈，倘若加以折辱贬斥，恐怕经受不住内心的忧伤愤怒，一旦染上难以预料的疾病，陛下后悔还来得及吗！”于是，高祖才没有处罚李世民。元吉暗中请求杀掉秦王李世民，高祖说：“他立下了平定天下的功劳，而他犯罪的事实并不显著，用什么作为借口呢？”李元吉道：“秦王刚刚平定东都洛阳的时候，观望形势，不肯返回，散发钱财丝帛，以便树立个人的恩德，又违背陛下的敕命，不是谋反又是什么！只应该赶紧将他杀掉，何必担心找不到借口！”高祖不答应。
秦王府的幕僚属官人人忧虑，个个恐惧，不知所措。行台考功郎中房玄龄对比部郎中长孙无忌说：“现在仇怨已经造成，一旦祸患暗发，岂只是秦王府不可收拾。实际上社稷的存亡都成问题。不如劝说秦王采取与周公平定管叔、蔡叔相似的行动，以便安定皇室与国家。存亡的枢机。形势的危急，就是现在了！”无忌说：“我有这一想法已经有很长时间了，只是不敢说出口。现在你说的这一席话，正好符合我的心愿。请让我代您禀告秦王。”于是，长孙无忌进入李世民的卧室告诉了李世民。李世民把房玄龄召来商议此事。房玄龄说：“大王功盖天地，应当继承皇帝的大业。现在大王担心危机发生，正是上天在帮助大王啊。希望大王不要疑惑不定了。”于是，房玄龄与秦王府属官杜如晦共同劝说李世民诛杀李建成、李元吉。李建成、李元吉因为秦王府拥有许多骁勇的将领，打算引诱他们为自己所用，便暗中将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟恭，并且写了一封书信招引他说：“希望得到您的屈驾眷顾，以便加深我们之间的布衣之交。”尉迟恭推辞说：“我是编蓬为户、破瓮作窗人家的小民。遇到隋朝末年战乱不息、百姓流亡的时局，长期沦落在抗拒朝廷的境地里，罪大恶极，死有余辜。秦王赐给我再生的恩典，如今我又在秦王府注册为官，只应当以死报答秦王。我没有为殿下立过功，不敢凭空接受殿下如此丰厚的赏赐。倘若我私自与殿下交往，就是对秦王怀有二心。就是见利忘义的小人，殿下要这种人又有什么用呢！”李建成大怒，便与他断绝了往来。尉迟恭将此事告诉了李世民。李世民说：“明公对我的忠心就像山岳那样坚实牢靠，即使他赠送给您的金子堆积到了北斗星，我知道明公的忠心还是不会动摇的。他赠给您什么，您就接受什么，这又有什么值得猜疑的呢！况且，这样做能够了解他的阴谋。难道不是一个上好的计策吗！否则，祸事就将降临到您头上了。”不久，李元吉指使勇士在夜间刺杀尉迟恭，尉迟恭得知这一消息以后，将层层门户敞开，自己安然躺着不动，刺客屡次来到他的院子，终究没敢进屋。于是，李元吉向高祖诬陷尉迟恭，把他关进奉诏命特设的监狱里审问处治，准备将他杀掉，由于李世民再三请求保全他的生命，这才得以幸免。李元吉又诬陷左一马军总管程知节，高祖将他外放为康州刺史。程知节对李世民说：“大王的辅佐之臣快走光了，大王自身又怎么能够长久呢！我誓死不离开京城，希望大王及早将定下计策。”李元吉又用金银丝帛引诱右二护军段志玄，段志玄不肯从命。李建成对李元吉说：“在秦王府有智谋才略的人物中，值得畏惧的只有房玄龄和杜如晦。”李建成与李元吉又向高祖诬陷他们二人，使他们遭到斥逐。李世民的心腹只剩下长孙无忌还留在秦王府中，他与他的舅舅雍州治中高士廉、右候车骑将军三水人侯君集以及尉迟恭等人，日以继夜地劝说世民诛杀李建成和李元吉，李世民犹豫不决。此外李世民可能还曾向灵州大都督李靖、行军总管李勣问计。
武德九年六月初一丁巳日（公元626年6月29日），太白金星在白天出现于天空正南方的午位，按照古人的看法，这是“变天”的象征，是暴发革命或当权者更迭的前兆，代表要发生大事了。适逢突厥郁射设带领数万骑兵驻扎在黄河以南，突入长城边塞，包围乌城，太子李建成便推荐齐王李元吉代替秦王李世民都督各路军马北征以抵抗突厥入侵。高祖听从了他的建议，命令元吉督率右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等人援救乌城]李元吉乘机请求让尉迟恭、程知节、段志玄以及秦王府右三统军秦琼等人与自己一同前往，检阅并挑选秦王帐下精锐的兵士以增强自己军队的实力。在太子的东宫中担任率更丞（主管计时的官员）职位的王晊，已被秦王李世民收买，成为李世民在东宫的眼线，他悄悄告诉李世民：“太子对齐王说：‘现在，你已经得到秦王骁勇的将领和精锐的士兵，拥有兵马数万之多了。我与秦王在昆明池为你饯行，让勇士在帐幕里将秦王杀死，上奏父皇时就说他暴病身亡。父皇应该不会不相信。我自当让人进言，逼父皇将国家大事交给我处理。尉迟恭等人已经落到了你的手中。应该将他们悉数坑杀，谁敢不服！’”李世民将王姓官员的话告诉了长孙无忌等人，长孙无忌等人劝李世民先发制人。李世民叹息道：“骨肉相残，是古往今来的大罪恶。我当然知道祸事即将来临，但我打算在祸事发生以后。再举义讨伐他们，这不也是可以的吗！”尉迟恭说：“作为人之常情，有谁能够舍得去死！现在大家誓死侍奉大王，这是上天所授。祸事马上就要发生，大王却仍旧神态自若，毫不担忧。即使大王把自己看轻，又怎么对得起宗庙社稷呢！如果大王不肯采用我的主张，我就准备逃身荒野草泽。不能留在大王身边，拱手任人宰割！”长孙无忌说：“如果大王不肯听从尉迟恭的主张，事情肯定要失败了。尉迟恭等人肯定不会再追随大王，我也应当跟着他们离开大王，不能够再事奉大王了！”李世民说：“我讲的意见也不能完全放弃，明公再计议一下吧。”尉迟恭说：“如今大王处理事情犹豫不定，这是不明智的；面临危难，不能决断。这是不果敢的。况且，大王平时畜养的八百多名勇士，凡是在外面的。现在都已经进入宫中，他们穿好盔甲，手握兵器，起事的形势已经形成，大王怎么能够制止得住呢！”李世民征求秦王府幕僚们的意见，大家都说：“齐王凶恶乖张。是终究不愿意事奉自己的兄长的。近来听说护军薛实曾经对齐王说：‘大王的名字，合起来可以成为一个唐字，大王终究是要主宰大唐社稷。’齐王欢喜地说：‘只要能够除去秦王，夺取东宫太子之位就易如反掌了。’他与太子谋划作乱还没有成功，就已经有了夺取太子之位的心思。作乱的心思没有满足，又有什么事情做不出来呢！假使这两个人如愿以偿了，恐怕天下就不再归大唐所有。以大王的贤能，捉拿这两个人就如拾取地上的草芥一般容易，怎么能够为了信守匹夫的节操，而忘了国家社稷的大事呢！”李世民仍然没有决断，大家又问道：“大王认为舜是什么样的人呢？”李世民答道：“是圣人。”大家说：“假如舜帝在疏通水井的时候没有躲过父亲与弟弟在上面填土的毒手，便化为井中的泥土了；假如他在涂饰粮仓的时候没有逃过父亲和弟弟在下面放火的毒手，便化为粮仓上的灰烬了，怎么还能够让自己恩泽遍及天下，法度流传后世呢！所以，舜帝在遭到父亲用小棒笞打的时候便忍受了，而在遭到大棍笞打的时候便逃走了，这大概是因为舜帝心里所想的是大事啊。”李世民命人算卦以卜吉凶，恰好秦王府的幕僚张公谨从外面进来，便将占卜的龟壳夺过来扔在地上，说：“占卜是为了决定疑难之事的，现在事情并无疑难，还占卜什么呢！如果占卜的结果是不吉利的，难道就能够停止行动了吗？”于是便定下了行动计划。李世民命令长孙无忌秘密地将房玄龄等人召回，房玄龄等人不答应回秦王府，说道：“陛下敕书的旨意是不允许我们再事奉大王的。如果我们现在私下去谒见大王，肯定要因此获罪而死，因此我们不敢接受大王的教令！”李世民发怒，对尉迟恭说：“房玄龄、杜如晦难道要背叛我吗！”他摘下佩刀交给尉迟恭道：“明公前去察看一下情况，如果他们果真没有回来的意思，可砍下他们头回来见我。”尉迟恭前去，与长孙无忌一起明示房玄龄等人说：“大王已经将行动的计划决定下来了，众位明公应该速去秦王府中共议大事。我们四个人不能在街道上同行。”于是命令房玄龄和杜如晦穿上道士的服装，与长孙无忌一同进入秦王府，尉迟恭则经由别的道路也来到了秦王府。
六月初三己未日（公元626年7月1日），太白金星再次在白天出现在天空正南方的午位。傅奕秘密上奏道：“金星出现在秦地的分野上，这是秦王应当拥有天下的征兆。”]高祖将傅奕的密奏给秦王世民看。于是这样，李世民乘机秘密上奏父皇，告发李建成和李元吉与后宫的嫔妃淫乱，而且说：“儿臣丝毫没有对不起皇兄和皇弟，现在他们却打算杀死儿臣，这简直就像要替王世充和窦建德报仇。如今我快要含冤而死，永远地离开父皇，魂魄归于黄泉，如果见到王世充诸贼，实在感到羞耻！”高祖望着李世民，惊讶不已，回答道：“明天朕就审问此事，你应该及早前来参见朕。”张婕妤暗中得知了李世民密奏的大意，急忙告诉李建成。李建成将李元吉召来商议此事，李元吉说：“我们应当管好东宫和齐王府中的士兵，托称有病不去上朝，以便观察形势。”李建成道：“宫中的军队防备已很严密了，我与皇弟应当入朝参见，亲自打听消息。” 于是二人决定先入大内皇宫逼高祖表态。不料在宫城北门玄武门执行禁卫总领常何本是太子亲信，却被李世民策反，因此宫中卫队已经倒向秦王，李建成和李元吉却不知道，还以为宫中都还是自己人。
六月初四庚申日（公元626年7月2日），李世民率领长孙无忌、尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝（一说为长孙无忌、尉迟恭、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦琼、段志玄、屈突通、张士贵）等人入朝，并在玄武门埋下伏兵。 [91-92]李建成、李元吉二人不知底细，也一起入朝，骑马奔向玄武门。此时，高祖已经将裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、裴矩等人召集前来，准备查验这件事情了。李建成、李元吉来到临湖殿，察觉到了变化，立即掉转马头，准备向东返回东宫和齐王府。李世民跟在后面呼唤他们，李元吉心虚，先张弓搭箭射向李世民，但由于心急，一连两三次都没有将弓拉满，箭没有射中。李世民却搭弓射向李建成，将他射死了。尉迟恭带领骑兵七十人相继赶到，他身边的将士用箭射中了李元吉，李元吉跌下马来。可就在此时，李世民的坐骑受到了惊吓，带着李世民奔入玄武门旁边的树林，李世民又被林中的树枝挂住，从马上摔下，倒在地上，一时爬不起来。李元吉迅速赶到，夺过弓来，准备勒死李世民，就在这时尉迟恭跃马奔来大声喝住了他。李元吉知道不是对手，赶紧放开李世民，想快步跑入武德殿寻求父皇庇护，但尉迟恭快马追上他，放箭将他射死了。太子李建成的部下、翊卫车骑将军冯立得知建成身死，叹息道：“难道能够在太子生前蒙受恩惠而太子一死便逃避祸难吗！”于是，他与副护军薛万彻、屈直府左车骑谢叔方率领东宫和齐王府的精锐兵马两千人，急驰赶到玄武门，准备为太子和齐王报仇。张公谨膂力过人，他独自关闭了大门，挡住冯立等人，冯立等人无法进入。云麾将军敬君弘掌管着宿卫军，驻扎在玄武门。他挺身而起，准备出战，与他亲近的人阻止他说：“事情未见分晓，姑且慢慢观察事态的发展变化，等到兵力汇集起来，结成阵列再出战，也为时不晚。”敬君弘不听从，便与中郎将吕世衡大声呼喊着向敌阵冲去，结果全部战死。把守玄武门的士兵与薛万彻等人奋力交战，持续了很长时间，薛万彻擂鼓呐喊，准备进攻秦王府，将士们大为恐惧。此时，尉迟恭提着建成和元吉的首级给薛万彻等人看，东宫和齐王府的人马顿失战心，迅速溃散，薛万彻与骑兵数十人则逃入终南山中。冯立杀死敬君弘后，对部下说：“这也可以略微报答太子殿下了。”于是，他丢掉兵器，落荒而逃。 至此，政变以秦王李世民的胜利而告终。